El dominio Eukarya (eucariotas) tiene una historia evolutiva compleja y se ha establecido a partir de diversos métodos para analizar la sistemática microbiana: estudios de la SSU del RNAr 18s en eucariotas, la comparación de secuencias del RNA de la polimerasa, la comparación de proteínas, aminoácidos, etc. Con estos estudios y otras informaciones se ha extraído que:
El dominio Eukarya está más relacionado con Arquea que con Bacteria
La diversificación comenzó muy al principio de la evolución de eucariotas porque se produjo una notable radiación filogenética (diversificación). Se han establecido 6 clados.
Algunos protozoos sin mitocondrias no son de la evolución temprana; disponen de ciertos orgánulos (hidrogenosomas, mitosomas y otros), que son mitocondrias degeneradas metabólicamente. Se ha visto que los animales y los hongos están muy relacionados (se separaron hace 1500 millones de años).
Se produjeron eventos secundarios de endosimbiosis.
Una cianobacteria constituyó el ancestro del cloroplasto en un eucariota poseedor de una mitocondria, que divergió en algas rojas y verdes (y después en plantas).
Eventos secundarios independientes de endosimbiosis; los ancestros de ciertos protozoos (por ejemplo, ciertos euglenozoos) adquirieron algas verdes o rojas (recientemente).
Clasificación
Dentro del dominio Eukarya aparecen los siguientes reinos:
Reino Animalia (animales)
Reino Plantae (plantas)
Reino Fungi (hongos)
Reino Protista (protistas)
Dentro de los eucariotas, aparecen reinos muy conocidos como Animalia, Plantae y Fungi. No obstante, también aparece el reino Protista, formado por los superfilos Heterokontophyta y Rhodophyta. En la página de protistas, formado por protozoos y algas microscópicas, puedes ver mejor sus características, especies destacadas y clasificación.
Dentro del reino Fungi hay hongos microscópicos que también son de interés para la microbiología, a los que también se les ha dedicado una página. Allí podremos ver los tipos de hongos que hay, además de su fisiología y metabolismo.