Diversidad microbiana en Eucariotas
Filogenia de eucariotas
El dominio Eukarya (eucariotas) tiene una historia evolutiva compleja y se ha establecido a partir de diversos métodos para analizar la sistemática microbiana: estudios de la SSU del RNAr 18s en eucariotas, la comparación de secuencias del RNA de la polimerasa, la comparación de proteínas, aminoácidos, etc. Con estos estudios y otras informaciones se ha extraído que:
- El dominio Eukarya está más relacionado con Arquea que con Bacteria
- La diversificación comenzó muy al principio de la evolución de eucariotas porque se produjo una notable radiación filogenética (diversificación). Se han establecido 6 clados.
- Algunos protozoos sin mitocondrias no son de la evolución temprana; disponen de ciertos orgánulos (hidrogenosomas, mitosomas y otros), que son mitocondrias degeneradas metabólicamente. Se ha visto que los animales y los hongos están muy relacionados (se separaron hace 1500 millones de años).
- Se produjeron eventos secundarios de endosimbiosis.
- Una cianobacteria constituyó el ancestro del cloroplasto en un eucariota poseedor de una mitocondria, que divergió en algas rojas y verdes (y después en plantas).
- Eventos secundarios independientes de endosimbiosis; los ancestros de ciertos protozoos (por ejemplo, ciertos euglenozoos) adquirieron algas verdes o rojas (recientemente).

Clasificación
Dentro del dominio Eukarya aparecen los siguientes reinos:
- Reino Animalia (animales)
- Reino Plantae (plantas)
- Reino Fungi (hongos)
- Reino Protista (protistas)
Dentro de los eucariotas, aparecen reinos muy conocidos como Animalia, Plantae y Fungi. No obstante, también aparece el reino Protista, formado por los superfilos Heterokontophyta y Rhodophyta. En la página de protistas, formado por protozoos y algas microscópicas, puedes ver mejor sus características, especies destacadas y clasificación.
Dentro del reino Fungi hay hongos microscópicos que también son de interés para la microbiología, a los que también se les ha dedicado una página. Allí podremos ver los tipos de hongos que hay, además de su fisiología y metabolismo.