El dominio Eukarya, que incluye a organismos como animales, plantas y hongos, tiene un origen evolutivo complejo.
Los estudios genéticos han demostrado que los eucariotas comparten un ancestro común más reciente con Arquea que con Bacteria. Además, eventos de endosimbiosis y la diversificación temprana han jugado un papel clave en la formación de los diferentes reinos eucariotas, como Animalia, Plantae y Fungi.
El dominio Eukarya (eucariotas) tiene una historia evolutiva compleja y se ha establecido a partir de diversos métodos para analizar la sistemática microbiana: estudios de la SSU del RNAr 18s en eucariotas, la comparación de secuencias del RNA de la polimerasa, la comparación de proteínas, aminoácidos, etc. Con estos estudios y otras informaciones se ha extraído que:
Dentro del dominio Eukarya aparecen los siguientes reinos:
Dentro de los eucariotas, aparecen reinos muy conocidos como Animalia, Plantae y Fungi. No obstante, también aparece el reino Protista, formado por los superfilos Heterokontophyta y Rhodophyta. En la página de protistas, formado por protozoos y algas microscópicas, puedes ver mejor sus características, especies destacadas y clasificación.
Dentro del reino Fungi hay hongos microscópicos que también son de interés para la microbiología, a los que también se les ha dedicado una página. Allí podremos ver los tipos de hongos que hay, además de su fisiología y metabolismo.